Село Малая Хомутерь было основано во второй половине XVII века служилыми людьми. К 1748 году в селе насчитывалось 80 дворов. В 1780 году, при создании Симбирского наместничества, в Карсунском уезде существовали три одноимённых деревни крещёных чуваш: Хомутери (позже вошла в состав Малых Хомутерь), Малое Хомутери (обе вошли в Карсунский уезд, ныне в Барышском районе) и Большие Хомутери (ставшая Русской Хомутерью), вошедшая в Канадейский уезд.
Каменный храм Покрова Пресвятой Богородицы был построен прихожанами в 1823 году. Он имел два престола: главный (холодный) — в честь Покрова Пресвятой Богородицы и придельный (тёплый) — во имя Святителя и Чудотворца Николая.
К 1859 году население села составляло 1 459 человек, а к 1913 году — 2 003 жителя при 304 дворах. В начале XX века в селе функционировала школа.
В советский период храм был закрыт, а его здание использовалось под склад. В последующие годы здание храма пришло в запустение и находилось в полуразрушенном состоянии.
