Первая церковь в селе Ходары (старинное название — Ходарово) была построена в середине 1740-х годов, предположительно в 1745–1748 годах. Освящение храма состоялось 13 июня 1748 года, что подтверждается надписью на напрестольном Евангелии, выданном Синодом. Церковь была деревянной и освящена в честь Покрова Пресвятой Богородицы. Архитектурный стиль сочетал элементы ярусного построения с барочными деталями и чертами русского классицизма.
Ходаровский приход относился к Туруновской волости Чебоксарского уезда Казанской губернии. Христианизация местного населения, преимущественно чувашей, происходила в рамках деятельности Новокрещенской конторы, располагавшейся в Чебоксарах. Основная часть жителей села приняла крещение в 1743 и 1745 годах, что зафиксировано в метрических книгах за 1747 год.
В 1806 году на месте обветшавшей деревянной церкви был возведен каменный храм. Средства на строительство были собраны мирянами. Архитектурный стиль здания можно отнести к эклектике, с сочетанием разнородных элементов. В 1895 году церковь подверглась значительной перестройке, в ходе которой были обновлены фасады и внутреннее убранство.
Храм является двухпрестольным: главный престол освящен в честь Покрова Пресвятой Богородицы, второй — во имя святых апостолов Петра и Павла. В советский период церковь неоднократно закрывалась, однако впоследствии была возвращена верующим. С 1974 года здание находится под охраной государства как памятник архитектуры.
В 2006 году, к 200-летию храма, была проведена масштабная реставрация, включавшая роспись интерьеров. В 2013 году на церкви установлены новые золоченые кресты и купола. В настоящее время храм остается единственным действующим в Шумерлинском районе.