Первая деревянная церковь в честь Покрова Пресвятой Богородицы в селе Большая Черниговка была построена в период с 1853 по 1865 год. Храм являлся однопрестольным и имел колокольню. В начале 1930-х годов, в ходе антирелигиозной кампании, церковь была закрыта для богослужений.
В 1993 году в селе был вновь зарегистрирован православный приход. Первоначально богослужения проводились во временном молельном доме, размещенном в помещении по адресу ул. Советская, 144. В 2010 году началось строительство нового каменного храма по проекту архитектора Ю.И. Харитонова.
Строительство храма завершилось в 2014 году. Новое здание было возведено вблизи центральной площади села. С этого времени регулярные богослужения стали проводиться в новом храме, хотя некоторые строительные работы продолжались и после официального открытия.
Параллельно с основным храмом, в 2011 году на трассе А300, недалеко от въезда в село, была построена кирпичная часовня-столп, также посвященная Покрову Пресвятой Богородицы. Часовня функционирует как отдельный религиозный объект.