Село Банищи впервые упоминается в Рыльской писцовой книге 1678 года как вотчина Рыльского Николаевского монастыря. В 1682 году в селе была построена первая деревянная церковь во имя Покрова Пресвятой Богородицы. Она облагалась налогом с одного монастырского двора, 25 крестьянских дворов и 13 дворов бобылей, составлявшим 24 алтына и 2 деньги (73 копейки). Священником в то время служил поп Марк.
В 1878 году началось строительство новой каменной церкви, в котором активно участвовали местные жители. Кирпичи для строительства изготавливали на хуторе Кирпичный и доставляли на место. Согласно местным преданиям, раствор для кладки замешивали на яичных желтках, что было распространённой практикой того времени для повышения прочности. Строительство завершилось в 1880 году, и храм был освящён.
Архитектурно храм выполнен в русско-византийском стиле, характерном для эклектики XIX века. Здание представляет собой крестово-купольную конструкцию с центральным куполом и колокольней. Фасады украшены декоративными элементами, отражающими традиции православного зодчества.
В период Великой Отечественной войны село Банищи было оккупировано немецкими войсками. Колокольня храма использовалась оккупантами в качестве наблюдательного пункта и позиции для снайпера. В результате боевых действий здание храма получило повреждения, следы которых сохранились до настоящего времени.
После войны храм продолжил функционировать, однако в советский период его деятельность периодически приостанавливалась в рамках государственной политики по отношению к религиозным учреждениям. Несмотря на это, богослужения были возобновлены и продолжаются по сей день.
В последние годы при поддержке благотворителей и усилиями прихожан в храме проведены значительные реставрационные работы. Были заменены окна, установлено газовое отопление, частично оштукатурены западный, северный и южный входы, обновлена электропроводка, отремонтирована лестница на колокольню. На портике западного входа установлена мозаичная икона Покрова Пресвятой Богородицы, выполненная монахами Святой горы Афон по специальному заказу благотворителя Александра Владимировича Дегтярева.
