Город Уссурийск, первоначально известный как село Никольское, был основан в 1866 году переселенцами из Европейской России. Удобное расположение села на пересечении транспортных путей и наличие сельскохозяйственных угодий способствовали его быстрому росту. В 1871 году в селе была построена первая деревянная церковь, освящённая 1 августа епископом Камчатским Вениамином (Благонравовым) в честь Святого Николая Чудотворца. Церковь вмещала около 200 человек и стала духовным центром села.
В 1891 году церковь посетил цесаревич Николай Александрович Романов, будущий император Николай II, в ходе своего путешествия по Дальнему Востоку. В 1896 году, в честь коронации Николая II, было построено здание каменной церковно-приходской школы. Школа действовала более тридцати лет и была признана одной из лучших в епархии.
К началу XX века деревянная церковь обветшала, и в 1914 году на её месте было начато строительство нового каменного храма. Новый храм был освящён 11 октября 1914 года архиепископом Владивостокским и Камчатским Евсевием (Никольским) с двумя приделами: Покрова Пресвятой Богородицы и Святого Павла Фивейского. Архитектурно храм выполнен в стиле русско-византийской эклектики, с элементами классицизма. Он представляет собой прямоугольное здание с пятиглавием и колокольней, расположенной в одном из восьмигранных барабанов. Фасады украшены арочными проёмами с килевидными перемычками, переходящими на боковых фасадах в аркатурный пояс. С восточной стороны устроена пятигранная апсида.
В 1920-х годах церковно-приходская школа была закрыта, а здание церкви и другие строения переданы коммунальному хозяйству. В 1923 году православная община заключила договор с отделом коммунального хозяйства о принятии в бессрочное бесплатное пользование Покровского храма с богослужебными предметами. Однако в 1937 году церковь была окончательно закрыта, и в её здании размещались продовольственные склады, общежитие, а затем оно стояло закрытым.
С апреля 1945 года православные верующие неоднократно обращались с ходатайством о возвращении храма. 31 августа 1946 года было принято правительственное решение об открытии и начале деятельности Свято-Покровского храма. Однако хозяйственные постройки, ранее принадлежавшие храму, не были возвращены.
В настоящее время отреставрированный и благоустроенный храм Покрова Пресвятой Богородицы является духовным центром Уссурийска и важной архитектурно-исторической достопримечательностью города. Рядом с храмом, по адресу улица Краснознаменная, 80, находится здание краеведческого музея, в котором ранее размещалась церковно-приходская школа, построенная в 1896 году.