Согласно грамоте царя Алексея Михайловича, уже в 1567 году на этом месте существовала деревянная церковь во имя Параскевы Пятницы.Писцовая книга 1625 года упоминает две деревянные церкви: во имя Параскевы Пятницы и во имя Покрова Пресвятой Богородицы с приделом Святителя Николая Чудотворца.В 1650 году на месте этих деревянных церквей была построена каменная церковь «о трех верхах» с главным престолом во имя Покрова Пресвятой Богородицы и приделами во имя Святителя Николая и великомученицы Параскевы Пятницы.Строительство финансировалось думным дьяком Михаилом Даниловым, священниками Кирьяком Никифоровым и Леонтием Трифоновым, а также вкладчиками и прихожанами.
К середине XVIII века церковь обветшала, и в 1765 году началась её перестройка. Работы продолжались более двадцати лет и были завершены в 1790 году. Значительный вклад в строительство нового храма внёс купец I гильдии Гордей Иванович Черников, в честь которого переулок получил своё название. Новый храм был освящён во имя Покрова Пресвятой Богородицы с приделом Святителя Николая Чудотворца и колокольней. Иконы для иконостаса были написаны тульским иконописцем Григорием Ивановичем Белоусовым.
В июне 1834 года в Туле произошёл пожар, который нанёс значительный ущерб Покровской церкви. Уцелели лишь некоторые иконы и святыни, включая напрестольное Евангелие, пожалованное храму царём Алексеем Михайловичем. Восстановление храма началось вскоре после пожара: придел великомученицы Параскевы Пятницы был освящён в сентябре 1834 года, главный престол — в 1838 году, а придел Святителя Николая Чудотворца — в 1847 году.
В 1860 году при Покровской церкви была учреждена одна из первых в Туле церковных библиотек. В 1896 году открылась церковно-приходская школа. В 1914 году при храме был освящён лазарет для раненых воинов, ставший первым церковным лазаретом в Туле.
После революции 1917 года храм продолжал действовать некоторое время. В 1932 году он был закрыт, а здание передано под различные нужды, включая размещение учебных пунктов и курсов Осоавиахима. В последующие годы в здании храма располагались предприятие «Красный мебельщик» и сейсмоизмерительная станция филиала Института физики. В 2000 году институт был ликвидирован, и здание храма долгое время пустовало.
