Храм Покрова Пресвятой Богородицы, именуемый также «Покровским на горах», был основан в Саратове в 1859 году. Первоначально на пересечении улиц Александровской (ныне М. Горького) и Большой Горной саратовским купцом Вороновым был возведен деревянный трехпрестольный храм. Главный престол освятили в честь Покрова Пресвятой Богородицы, придельные — во имя апостола и евангелиста Иоанна Богослова, пророка Илии, а также святых Иоанна Предтечи, мученицы Наталии и преподобномученицы Феодосии. Деревянная церковь не отапливалась и не вмещала всех прихожан.
В 1876 году по проекту епархиального архитектора Алексея Марковича Салько началось строительство каменного храма. Средства на строительство собирались среди местных купцов и мещан. К 1883 году здание было возведено, а внутренняя отделка завершилась к 1885 году. Росписи и иконы для придельных иконостасов выполнил художник-академик Лев Степанович Игорев. Новый храм освятили 20 января 1885 года. Правый придел посвятили Казанской иконе Божией Матери, левый — Пресвятой Троице. В 1895 году построили пятиярусную колокольню, где в 1902 году освятили придел в честь Иверской иконы Божией Матери.
При храме действовали церковно-приходская школа, воскресная школа (с 1893 года) и женские рукодельные классы. В собственности прихода находились дома для духовенства, ферма и хутор в 15 верстах от Саратова. В 1912 году приход насчитывал 1159 домов и 5839 прихожан.
После революции 1917 года имущество храма было национализировано. В 1929 году храм закрыли, здание передали под общежитие Планового института. В 1931 году разобрали купола и взорвали колокольню. Попытка уничтожить храм полностью не удалась. В 1970-х годах в здании разместились художественные мастерские.
В январе 1992 года храм возвращен Саратовской епархии. Первая литургия совершена 18 апреля 1992 года в левом приделе. К 2004 году восстановлена колокольня высотой 66 метров. В 2007 году проведена реконструкция: заменены купола, выполнены росписи интерьера, обновлен фасад. Главный престол освящен в честь Покрова Божией Матери, левый придел — во имя святого Иоанна Кронштадтского, правый — в честь Иверской иконы Божией Матери.
