Храм во имя апостола и евангелиста Иоанна Богослова при Саратовской духовной семинарии был возведен в 1885 году в составе нового здания семинарии. Проект комплекса разработан синодальным архитектором Николаем Никифоровичем Марковым при участии саратовского архитектора Алексея Марковича Салько, который также осуществлял строительный надзор. Здание выполнено в эклектичном стиле, характерном для эпохи императора Александра III, с использованием кирпичного декора, восходящего к древнерусским и византийским традициям.
Освящение домового храма состоялось 6 октября 1885 года епископом Саратовским и Царицынским Павлом (Вильчинским). Храм располагался в центральной части здания на уровне бельэтажа, занимая двухэтажное пространство квадратной формы. В убранстве храма выделялся резной дубовый иконостас без позолоты с иконами работы художника Льва Степановича Игорева. В 1891 году храм посетил обер-прокурор Святейшего Синода Константин Петрович Победоносцев, отметивший изящную простоту интерьеров.
После революционных событий 1917 года семинария была закрыта в сентябре 1918 года, а храм разорен. Помещение храма подверглось перепланировке: было разделено межэтажным перекрытием и преобразовано в учебные аудитории для разместившегося здесь Педагогического института.
В 2008 году здание семинарии было возвращено Саратовской епархии Русской Православной Церкви. В ходе реставрационных работ храмовое пространство было восстановлено в первоначальных объемах. Первое богослужение после возрождения состоялось 9 октября 2013 года в день памяти апостола Иоанна Богослова. 26 октября 2014 года Святейший Патриарх Московский и всея Руси Кирилл совершил великое освящение храма.
Архитектурно храм сохраняет историческую планировку, занимая центральную часть семинарского здания с выходом во внутренний двор. Внешне храмовая часть выделена фронтоном с главкой. Богослужебная жизнь храма связана с учебным процессом духовной семинарии, что отражается в расписании служб.
