Первое упоминание о храме относится к 1857 году, когда в документах князя Потемкина-Таврического сообщается о существовании деревянной церкви Покрова Пресвятой Богородицы в селе Батайском. Церковь располагалась на территории, ныне занимаемой Лицеем №10. Перед Великой Отечественной войной, в 1937 году, храм был разрушен, и на его месте началось строительство школы.
После войны, в 1945 году, был открыт Покровский молитвенный дом на улице Островского, 31, в неприспособленном помещении. Однако в 1968 году этот дом сгорел. Новый храм на месте сгоревшего дома строить не разрешили. На общественные средства был приобретен другой участок земли с полуразрушенным домом, где в дальнейшем и был возведен новый деревянный храм.
Строительство нового храма осуществлялось в период с 1970 по 1973 год. В 1994 году была построена звонница. В сентябре 1998 года устроено купольное сооружение, установлены центральные позолоченные купол и крест. Появилась крытая галерея, веранда, трапезная, классы воскресной школы, служебные помещения и ограда. Внутреннее убранство храма было благоустроено, выполнен художественный орнамент. Убранство, иконостас, резьбу и золочение выполнили мастера табачной фабрики и художники из Ростовского училища имени Грекова.
Архитектурно, храм выполнен в традициях русской православной архитектуры. Здание кирпичное, прямоугольной формы с полукруглой апсидой. Колокольня расположена над входом и увенчана главкой. Интерьер украшен иконостасом и росписями, выполненными в традиционном стиле.
