Основание храма связано с инициативой местных жителей, которые в феврале 2011 года обратились с просьбой об организации православного прихода в их районе.По благословению архиепископа Ростовского и Новочеркасского Пантелеимона и при участии благочинного Батайского округа, был установлен и освящён малым чином временный храм-вагончик, посвящённый святому Иоанну Русскому.
Выбор святого покровителя для храма обусловлен исторической связью микрорайона Авиагородок с военной сферой: здесь функционируют военные предприятия и дислоцируются воинские части. Святой Иоанн Русский, будучи воином в армии Петра I, стал символом духовной поддержки для местного населения.
15 октября 2012 года в сквере Авиагородка состоялось открытие памятника святому Иоанну Русскому. Авторами бронзовой скульптуры стали скульпторы Сергей Олешня и Андрей Дементьев. Памятник установлен на двухметровом гранитном постаменте, общая высота сооружения составляет около шести метров.
В январе 2013 года, учитывая увеличение числа прихожан и недостаточную вместимость первоначального храма-вагончика размером 2,5х12 метров, было принято решение о строительстве более просторного временного храма. Строительные работы начались в марте 2013 года, и уже 28 апреля того же года, в праздник Входа Господня в Иерусалим, в новом помещении размером 6х14 метров было совершено первое богослужение. Новый храм был увенчан главкой с крестом, что соответствует традициям православной архитектуры.
В 2015 году завершены работы по сооружению пристройки, в которой разместился учебный класс для занятий воскресной школы. Кроме того, была возведена звонница и приобретены колокола, что способствовало полноценному функционированию храма и развитию приходской жизни.
В декабре 2023 года приходу был передан участок муниципальной земли площадью 2884 кв.м. под строительство капитального здания храма. В 2024 году приход получил все необходимые документы для завершения эскизного проекта каменного здания храма.
