Деревянный храм Покрова Пресвятой Богородицы в селении Баксан был построен в конце XIX века местной казачьей общиной. Согласно архивным документам, в селении Баксанском, основанном в 1891 году, среди учреждений значились церковно-приходская школа и церковь. В 1900 году было возведено каменное здание храма, которое в 1936 году после его закрытия было переоборудовано под среднюю школу. Это здание сохранилось до настоящего времени, ныне в нем располагается мастерская по изготовлению тротуарной плитки.
В период Великой Отечественной войны, во время оккупации Баксана, для румынских солдат и местных жителей, исповедовавших православие, был открыт временный деревянный храм. После освобождения территории Кабардино-Балкарии в 1943 году православная община не имела постоянного помещения для богослужений. Однако по данным 1950 года, в селении Баксан числилась одна церковь с двумя священнослужителями, а посещаемость составляла 60–80 человек.
В 1953–1954 годах на средства прихожан был приобретен жилой дом, перестроенный под церковь. В 1957 году на территории храма был выстроен дом священника, а в 1963 году — сторожка. Это здание сохраняется за церковью до настоящего времени. 8 июля 2012 года в храм были принесены частицы мощей святых благоверных князей Петра и Февронии Муромских, переданные из Мурома по просьбе епископа Пятигорского и Черкесского.
В 2015 году администрацией города Баксан был выделен земельный участок площадью 0,3 гектара для строительства нового храма. 15 мая 2016 года Патриарх Московский и всея Руси Кирилл освятил закладной камень нового Покровского храма. Строительство началось 15 октября 2016 года под руководством архиепископа Пятигорского и Черкесского.
Современное здание храма представляет собой одноэтажное строение прямоугольной формы с двускатной металлической крышей синего цвета, увенчанное главкой с восьмиконечным крестом. На фасаде установлена ростовая икона Покрова Пресвятой Богородицы. Внутри храма находится трехъярусный иконостас с резными царскими вратами, отделяющий основное пространство от алтаря. Среди святынь храма — мироточивая икона «Воскресение Христово» и местночтимые образы, сохраненные из ранее разрушенных храмов.
