Село Никульское впервые упоминается в духовной грамоте великого князя московского Ивана Калиты в 1328 году как владение, переданное его сыну Симеону. В XIV веке эти земли принадлежали коломенскому воеводе Микуле (Николаю) Васильевичу Вельяминову, который в 1380 году организовал здесь встречу своего племянника - великого князя Димитрия Донского перед Куликовской битвой. По преданию, Вельяминов возвел первую деревянную церковь в честь своего небесного покровителя - святителя Николая Чудотворца.
На протяжении пяти столетий в селе последовательно сменяли друг друга деревянные храмы, постепенно обветшавшие. В XVIII веке церковное здание описывалось как круглое строение без колокольни, с малыми колоколами, подвешенными на столбах. В 1822 году местный помещик Ф.Н. Глебов перестроил Никольский храм, расписал его внутренние стены и возвел колокольню. В 1866 году к зданию был пристроен придел в честь Покрова Пресвятой Богородицы.
К концу XIX века деревянный храм пришел в аварийное состояние. 20 апреля 1897 года крестьяне села дали обязательство предоставить землю для строительства нового каменного храма. Проект в неорусском стиле выполнил московский архитектор Александр Фелицианович Мейснер. Строительство велось с 1898 по 1904 год на средства прихожан и благотворителей, среди которых особую роль сыграл надзиратель Земледельческой школы Федор Васильевич Соболев.
В 1901 году на главы храма были установлены кресты, пожертвованные братьями Соболевыми. В 1904 году на колокольню подняли четырехсотпудовый колокол, после чего состоялось освящение трехпрестольного храма с главным престолом в честь Покрова Пресвятой Богородицы и боковыми приделами - во имя святителя Николая Чудотворца и святителя Феодосия Черниговского.
В советский период храм был закрыт в 1937 году. Основной свод церкви разобран, колокольня и ограда демонтированы. В 1940-х годах уничтожен расположенный рядом святой источник. Здание возвращено Русской Православной Церкви в 1991 году. В 2000-х годах восстановлен источник и построена деревянная часовня в честь пророка Илии. Постановлением Правительства Московской области № 84/9 от 15 марта 2002 года храм признан объектом культурного наследия регионального значения.