Храм во имя святых апостолов Петра и Павла в селе Нагаево Уфимского уезда был построен в 1862 году на средства прихожан. Освящение храма состоялось 10 декабря 1862 года при епископе Уфимском и Мензелинском Филарете (Малишевском). Приход относился к 1-му благочинническому округу Уфимской епархии. Штат причта состоял из священника и псаломщика, получавших казённое жалование в размере 141 рубля 12 копеек в год.
В 1876 году при храме было организовано церковно-приходское попечительство. Приход включал село Нагаево и 11 окрестных деревень с общим населением 2094 человека. В 1930 году храм был закрыт советской властью, церковное имущество изъято, а здание подверглось осквернению. Впоследствии в помещении храма размещались клуб, пожарный надзор и конюшня. В 1931-1932 годах здание храма было уничтожено пожаром.
В начале 2000-х годов по инициативе местных жителей началось восстановление храма на историческом месте. В апреле 2004 года были начаты земляные работы, в ходе которых обнаружены остатки фундамента старого храма. 1 ноября 2004 года в село Нагаево был назначен первый настоятель. Богослужения временно проводились в приспособленном помещении до завершения строительства.
Новый кирпичный храм был построен в 2006-2007 годах. В 2007 году в храме был установлен иконостас. Освящение восстановленного храма состоялось в 2009 году архиепископом Уфимским и Стерлитамакским Никоном. Храм сохранил историческое посвящение святым апостолам Петру и Павлу.