Место под строительство нового храма было зарезервировано еще в конце 1990-х годов, учитывая отсутствие православных церквей в крупнейшем микрорайоне Уфы — Сипайлово. До этого времени православные верующие района посещали храмы в других частях города, таких как Кирилло-Мефодиевская церковь в Глумилино, Пантелеимоновская церковь в Черниковке или Уфимско-Богородицкая церковь в Богородском.
После завершения строительства деревянного храма было принято решение о возведении рядом более крупного каменного храма в стиле Владимиро-Суздальского зодчества. Проект нового храма предусматривал высоту около 40 метров и вместимость до 600 человек. С северной стороны от основного здания планировалось строительство дополнительного комплекса, включающего крестильный храм на 150 человек, мастерскую и воскресную школу на 60 человек с библиотекой.