Первоначально в селе Синие Липяги существовал деревянный храм, который со временем стал недостаточным для растущего числа прихожан. В связи с этим, в 1805 году было принято решение о строительстве нового каменного храма в два этажа. Строительство продолжалось десять лет, и в 1815 году церковь была освящена. Архитектурный облик храма сочетает элементы классицизма, характерные для начала XIX века, с традиционными православными канонами.
В период с 1815 по 1917 годы храм служил центром духовной жизни села. При нем действовала церковно-приходская школа, где местные дети получали начальное образование и религиозное воспитание. Священнослужители храма активно участвовали в просветительской деятельности, способствуя повышению уровня грамотности и духовности населения.
После революции 1917 года и установления советской власти начались гонения на религиозные учреждения. В 1930-х годах многие храмы в регионе были закрыты или разрушены. Согласно архивным данным, в этот период в Центрально-Черноземной области было ликвидировано множество контрреволюционных церковных и сектантских организаций. Однако конкретных сведений о закрытии или разрушении храма Петра и Павла в селе Синие Липяги в доступных источниках не обнаружено.
Во время Великой Отечественной войны многие религиозные сооружения, ранее закрытые, вновь открывались для богослужений. Однако информация о деятельности храма Петра и Павла в этот период отсутствует в доступных источниках.
С распадом Советского Союза и возрождением религиозной жизни в России в 1990-х годах многие храмы были возвращены Русской Православной Церкви и восстановлены. Конкретных данных о состоянии и деятельности храма Петра и Павла в селе Синие Липяги в этот период в доступных источниках не найдено.
