Храм святых апостолов Петра и Павла в посёлке Селижарово является сохранившимся сооружением бывшего Троицкого Селижаровского монастыря. Первые упоминания о монастыре относятся к началу XVI века. В духовной грамоте волоцкого князя Ивана Борисовича от 1504 года содержится запись о вкладе в монастырь. В 1519 году великий князь Василий III пожаловал монастырю деревню Хотошино и половину озера Волго.
Храм был построен в конце XV — начале XVI века как трапезная церковь монастыря. В писцовых книгах XVII века сооружение упоминается именно как трапезное помещение. На верхнем этаже располагалась церковь с престолами во имя апостолов Петра и Павла, а также святителей Гурия, Германа и Варсонофия Казанских. Нижний этаж использовался для хозяйственных нужд: здесь находились трапезная, хлебная, поварня, келарская, квасоварня и другие служебные помещения.
Архитектура храма демонстрирует влияние новгородской строительной традиции. Здание возведено из толстого кирпича, имеет массивные стены толщиной до двух метров. Своды обоих этажей и подвала опираются на центральный четырёхгранный столб. Внешний декор минимален: небольшой пояс в нижней части восточной стены и две широкие пилястры по бокам алтарного полукружия.
В 1762 году был расширен алтарь храма, заменён иконостас, пробиты новые оконные проёмы. В 1803 году устроен придел во имя казанских святителей. В 1819 году над храмом установлен деревянный купол, который впоследствии был разобран после закрытия монастыря.
В 1930-х годах монастырь был закрыт, большинство построек разрушено. В здании Петропавловской церкви размещались магазины. В 1992 году храм возвращён Русской Православной Церкви. Проведены реставрационные работы: восстановлены своды, устроена крестильня, установлен новый купол с крестом. В 2009 году воссоздана колокольня на историческом месте.