Данный храм возведён в память о жертвах политических репрессий, захороненных на территории бывшего спецобъекта НКВД «Коммунарка».
До революции 1917 года данная местность представляла собой лесную усадьбу под названием Хорошавка. В конце 1920-х годов усадьба была конфискована и передана в распоряжение заместителя наркома, а впоследствии наркома внутренних дел СССР Генриха Ягоды. В 1928 году для него был построен деревянный одноэтажный дом, сохранившийся до настоящего времени. После ареста Ягоды территория дачи была преобразована в спецобъект НКВД «Коммунарка», где в период с 1937 по 1943 годы производились захоронения расстрелянных по приговорам Верховной Коллегии Военного Суда СССР. По данным на сегодняшний день, известно о более чем 6,5 тысячах захороненных на данной территории лицах.
В 1999 году постановлением Правительства Российской Федерации территория бывшего спецобъекта была передана Русской Православной Церкви. По благословению митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия здесь было учреждено подворье Свято-Екатерининского мужского монастыря. В здании бывшего дома Ягоды был устроен домовый храм в честь Державной иконы Божией Матери. В январе 2000 года был получен антиминс для храма Святых Новомучеников и Исповедников Российских, и в том же году начались регулярные богослужения.
Летом 2001 года был заложен фундамент нового храма, строительство которого завершилось в 2004 году. Первая Божественная литургия в новом храме была отслужена в феврале 2005 года, а 22 сентября 2007 года состоялось его великое освящение митрополитом Крутицким и Коломенским Ювеналием в сослужении архиепископа Можайского Григория, епископа Видновского Тихона и духовенства Московской епархии.
Архитектурный проект храма был разработан архитектором Е.Н. Гуровой. Здание выполнено в традиционном русском стиле с элементами византийской архитектуры. Интерьер храма оформлен в соответствии с православными канонами, включая иконостас и настенные росписи. Внутреннее и внешнее оформление храма было выполнено при участии художника-монументалиста Михаила Сергеевича Леонтьева, известного своими работами в области церковной живописи и мозаики.
В настоящее время храм является действующим и относится к объектам культурного наследия. При храме ведётся миссионерская и катехизаторская работа, проводятся огласительные беседы перед Крещением, действуют детская и взрослая воскресные группы, организуются экскурсии по памятнику истории «Спецобъект "Коммунарка"».
