В 1581 году, во время осады Пскова войсками польского короля Стефана Батория, монастырь подвергся нападению. Монахи вынесли икону Владимирской Божией Матери на северную сторону обители, к берегу реки Псковы, однако икона была повреждена выстрелами, а монастырь разграблен.
В начале XVII века, в период Смутного времени, монастырь вновь пострадал от военных действий. В 1609 году здесь располагались отряды новгородцев и шведов, что привело к значительным разрушениям.
Архитектурно храм представляет собой четырёхстолпный одноапсидный храм, характерный для псковской школы зодчества XVI века. Первоначально здание было пятиглавым, однако боковые главы были утрачены в последующие периоды. С южной стороны к храму примыкает придел во имя иконы Божией Матери «Знамение», строительство которого датируется не ранее 1677 года. В XVIII веке была возведена колокольня с шестигранным ярусом звона.
В 1764 году, в ходе секуляризационной реформы императрицы Екатерины II, Любятовский монастырь был упразднён, а храм святителя Николая Чудотворца преобразован в приходскую церковь. В этот период большинство деревянных монастырских построек было разобрано, сохранились лишь каменные сооружения.
В XIX веке храм претерпел ряд изменений. В 1828 году обрушились своды притвора, которые были заменены потолком. В 1872 году был засыпан святой источник, находившийся в подцерковье, из-за повышенной влажности, отрицательно сказывавшейся на состоянии алтаря.
В советский период храм оставался действующим, несмотря на антирелигиозную политику государства. Во время Великой Отечественной войны церковь была разграблена, многие иконы и церковные ценности были утрачены или вывезены. После окончания войны часть икон была возвращена и передана в другие храмы и музеи.
