В 1749 году, согласно решению Святейшего Синода, был открыт приход, включающий 12 деревень, и начато строительство деревянной церкви во имя Святителя Николая Чудотворца. Строительство завершилось в 1751 году, и храм стал центром духовной жизни для новообращённых удмуртов.
В 1769 году Вятская духовная консистория разрешила устроить тёплый придел в трапезной части храма на южной стороне во имя Богоявления Господня.
В 1774 году, во время Крестьянской войны под предводительством Емельяна Пугачёва, село Завьялово подверглось нападению. По просьбам местных язычников, отряд пугачёвцев разорил церковь, а служившие в ней священники были преданы мучениям и казнены.
После подавления восстания, в 1784 году, по резолюции епископа Вятского и Великопермского Лаврентия, храм был отремонтирован, а престолы освящены заново: в холодной церкви — во имя Богоявления Господня (9 мая 1787 года), в тёплой — в честь Святителя Николая Чудотворца (6 декабря 1796 года).
В 1815 году прихожане выразили желание построить каменный храм. В 1818 году Вятская духовная консистория выдала книгу для сбора пожертвований, а в 1829 году был утверждён план строительства. 15 ноября 1830 года была выдана храмозданная грамота на строительство каменного храма с двумя приделами. Строительство завершилось в 1839 году, и престолы были освящены: в холодной церкви — во имя Богоявления Господня, в тёплой — правый придел в честь Казанской иконы Божией Матери, левый — во имя Святителя Николая Чудотворца.
В 1846 году старая деревянная церковь была разобрана, и из её материалов на кладбище построили амбар.
4 апреля 1868 года при церкви было открыто церковно-приходское попечительство, направленное на поддержку духовной и социальной жизни прихода.
5 марта 1937 года, на основании постановления Президиума Центрального исполнительного комитета Удмуртской АССР, Богоявленская церковь была закрыта, а здание передано под клуб.
В 1990 году храм был возвращён Русской Православной Церкви, после чего начались восстановительные работы.
