Первое упоминание о Синеникольском погосте содержится в Писцовой книге Псковской земли 1585 года. В 1773 году на высоком берегу реки Синей была построена деревянная однопрестольная церковь на средства помещицы Анны Степановны Румянцевой. Церковь была спроектирована в форме, напоминающей корабль, и имела деревянную колокольню с пятью колоколами. В 1859 году здание подверглось капитальному ремонту, финансируемому частично из церковных средств и частично за счёт церковного старосты, купца С. П. Утретского .
К концу XIX века деревянная церковь пришла в ветхость, что обусловило необходимость строительства нового храма. В 1901 году, с разрешения епархиального начальства, на месте старой церкви началось возведение нового здания из красного кирпича, изготовленного из местных пород глины. Строительство финансировалось местным купцом Дмитрием Николаевичем Бизюкиным. Новый храм был выполнен в русском стиле, характерном для церковной архитектуры того времени .
В 1935 году храм был закрыт в рамках антирелигиозной политики советской власти. Однако в период немецкой оккупации (1941–1944 годы) церковь вновь открылась благодаря деятельности Псковской православной миссии. После окончания Великой Отечественной войны колокола были сняты, и здание использовалось в качестве зерносклада до начала 1960-х годов.
В последующие десятилетия храм находился в запустении. С 2017 года начались работы по восстановлению здания, инициированные местными жителями и энтузиастами. С июля 2017 года в храме проводятся регулярные богослужения .
