Первые упоминания о храмах в селе Шестаково встречаются в писцовых книгах Ивана Доможирова и подъячего Кокушкина от 1629 года. В тот период в городе Шестакове значились деревянные церкви: Соборная Архимандрита Михаила, Никольская с трапезной и приход Ильи Пророка с трапезной и колокольней. Эти сооружения оставались без существенных изменений до середины XVIII века.
В 1765 году на месте прежних деревянных Архангельской и Николаевской церквей был возведен каменный храм во имя Святителя Николая. В 1776 году к нему пристроен придел в честь Архангела Михаила, а в 1832 году сооружена высокая колокольня, соединенная с центральным приделом теплым переходом-галереей. В конце XIX века колокольня была заменена новой, построенной по проекту архитектора И.А. Чарушина в характерном древнерусском стиле с шатровым завершением.
В 1883-1885 годах храм подвергся расширению - к нему пристроили придел в честь Святого Георгия. По клировым ведомостям 1872 года при храме числилось два престола: в холодном храме - во имя Архистратига Божия Михаила, в теплом - во имя Святителя Николая. Приход состоял из 72 селений с общим числом прихожан 1862 человека.
В начале XX века при храме существовали Георгиевская и Николаевская часовни, а также кладбищенский молитвенный дом, построенный в 1872 году. Земельные владения храма включали 3 десятины усадебной и 66 десятин пахотной и сенокосной земли.
В 1935 году храм был закрыт советскими властями. В его помещениях разместился сельский клуб. В постсоветский период началось постепенное восстановление храма, в ходе которого были обнаружены сохранившиеся фрески XVIII века, включая изображение «Тайной вечери» в алтарной части и росписи с евангельскими сюжетами.