Село Мошенское, основанное в 1581 году, исторически являлось центром Николо-Мошенской волости Боровичского уезда Новгородской губернии.До революции село называлось Николо-Мошенское, что подчёркивает его связь с храмом Николая Чудотворца.
В 1873 году в селе был построен каменный храм во имя святителя Николая Чудотворца. Архитектурно здание представляет собой образец церковного зодчества второй половины XIX века. Храм выполнен в традициях русской православной архитектуры того периода, с использованием кирпича в качестве основного строительного материала.
После революции 1917 года и установления советской власти многие религиозные учреждения подверглись закрытию или переоборудованию под светские нужды. В этот период храм Николая Чудотворца в Мошенском также прекратил свою основную деятельность, и его здание использовалось не по прямому назначению. В результате длительного нецелевого использования и отсутствия должного ухода здание храма пришло в упадок.
В конце XX — начале XXI века, с изменением государственной политики в отношении религии и возрождением духовной жизни в России, начался процесс восстановления многих ранее закрытых храмов. В селе Мошенское местные жители и представители Русской Православной Церкви инициировали работы по восстановлению храма Николая Чудотворца. 6 октября 2013 года, после завершения основных реставрационных работ, храм был вновь открыт для богослужений. С этого момента церковь стала действующим приходом, обслуживающим духовные потребности местного населения.