Храм Николая Чудотворца в селе Мгачи относится к Александровск-Сахалинскому благочинию Южно-Сахалинской и Курильской епархии Русской Православной Церкви. Село Мгачи расположено в северной части острова Сахалин, в районе, где в середине XIX века активно велись исследования и освоение дальневосточных территорий Российской империи.
Первые православные храмы на Сахалине появились во второй половине XIX века, когда остров стал местом каторги и ссылки. В 1852 году лейтенант Н.К. Бошняк во время Амурской экспедиции обнаружил в районе Мгачи месторождения каменного угля, что способствовало развитию поселения. Духовное окормление жителей осуществлялось священниками, прибывавшими с материка, однако постоянного храма в Мгачи до начала XX века не существовало.
В 1890-х годах на Сахалине насчитывалось пять приходских церквей, расположенных в основных населенных пунктах. Храмы строились преимущественно из дерева на казённые средства, часто при участии тюремного ведомства. Богослужения в отдалённых селениях, таких как Мгачи, проводились в приспособленных помещениях или домах местных жителей.
После Русско-японской войны 1904-1905 годов и перехода южной части Сахалина под контроль Японии, церковная жизнь в северной, российской части острова продолжалась, хотя и испытывала значительные трудности. В советский период все храмы на Сахалине были закрыты, последний из них прекратил деятельность в 1930 году.
Возрождение православной жизни в селе Мгачи началось в конце XX века, после образования в 1993 году Южно-Сахалинской и Курильской епархии. Храм Николая Чудотворца был построен как часть программы восстановления церковных структур на Сахалине. Он вошёл в число 72 приходов, действующих в епархии по состоянию на 2024 год.
Архитектура храма соответствует традициям русского деревянного зодчества. Как и большинство современных храмов Сахалинской области, он построен с учётом климатических особенностей региона. Храм выполняет функции духовного центра для жителей села и близлежащих населённых пунктов.