Село Машкино было основано около 1768 года переселенцами из села Машково Бобровского уезда, ныне относящегося к Калужской области. Название нового поселения было дано в память о прежнем месте жительства.
Первая церковь в селе была деревянной и основана в 1762 году. К 1798 году на её месте была выстроена кирпичная церковь. В своём нынешнем виде храм был завершён в 1867 году.
В советский период храм, вероятно, был закрыт, как и многие религиозные учреждения того времени, и использовался не по назначению. В 2012 году, по инициативе местной жительницы Марии Яковлевой, начался сбор средств на восстановление церкви. В январе 2019 года был освящён крест для центрального купола.
. Прихожан немного, однако сёла постепенно возрождаются, и в летний период население увеличивается за счёт приезжающих.
Юридически приход зарегистрирован как местная религиозная организация православный приход храма во имя святителя Николая Чудотворца села Машкино Лискинского района Воронежской области. Дата регистрации — 30 декабря 2020 года.
