Первоначальная деревянная церковь во имя святителя Николая Чудотворца была построена в 1895 году. Она обслуживала обширный приход, включавший село Кыштовка и несколько близлежащих деревень. По данным справочной книги по Томской епархии за 1914 год, приход насчитывал около 4300 прихожан обоего пола, включая 133 старообрядца. При храме действовали церковно-приходские школы в деревнях Еремина, Пахомова и Верхне-Чекинская, а также школа грамоты в деревне Ново-Ложникова. Церковно-приходское попечительство было организовано в 1898 году.
В советский период храм был закрыт, и его здание использовалось для различных нужд, что привело к утрате первоначального облика. Однако в 1994 году по благословению епископа Новосибирского и Бердского Тихона был заложен и освящён закладной камень нового храма. 5 апреля 1995 года был официально организован приход во имя святителя Николая. 18 декабря 1997 года в новом храме была совершена первая служба, а 19 декабря — первая Божественная литургия.
Архитектурно современный храм представляет собой кирпичное здание с элементами традиционного православного храмового зодчества. Фасады окрашены в светлые тона, кровля увенчана куполами с крестами. Особенностью храма является икона святителя Николая Чудотворца, размещённая на одной из внешних стен, что подчёркивает его посвящение и придаёт зданию уникальность.