Деревянный храм во имя святителя Николая Чудотворца в селе Коньшино был возведен в период с 1832 по 1875 год. В архивных документах Белгородской епархии сохранились метрические книги 1824 года, где упоминаются совершавшиеся в более ранней церкви святителя Николая таинства крещения и венчания. Предположительно, первый храм располагался на ином месте и был уничтожен пожаром, вызванным ударом молнии.
К началу XX века приход насчитывал 1444 прихожанина. В состав прихода входили хутора Гнилой и Ивановка, деревня Сухая Ольшанка. При храме действовали две земские школы и министерское народное училище. До 1895 года функционировала церковно-приходская школа. На колокольне находилось 6-8 колоколов, наибольший из которых весил около 105 пудов, а его звон был слышен в соседней Чернянке.
В 1932 году храм был закрыт советскими властями. Центральный вход замуровали, а в притворе устроили зернохранилище. По свидетельствам местных жителей, богослужения продолжали совершаться через боковой вход. В тот же период при попытке демонтажа колоколов произошло разрушение крыльца и повреждение главного колокола. В последующее десятилетие в здании храма размещался исполком сельского совета, затем - учреждение культуры.
В годы Великой Отечественной войны в храме возобновились регулярные богослужения. В послевоенный период церковь продолжала действовать, несмотря на сложные условия. В храме сохранились чтимые иконы: образ Успения Пресвятой Богородицы, Смоленская икона Божией Матери и икона великомученика и целителя Пантелеимона, привезенная со Святой Горы Афон.
В 2013 году начались работы по сохранению памятника деревянного зодчества XIX века. На заседании местного самоуправления было принято решение о сборе средств на реставрационные работы. Частичный ремонт осуществлялся силами прихожан, однако состояние конструкций храма требует комплексных восстановительных мероприятий.