В начале XVII века село Фряньково, ранее известное как Фрялково, входило в состав Костромского уезда, волости Емстны. В 1628 году в документах упоминается деревянная церковь во имя святителя Николая Чудотворца, находившаяся в вотчине Воина Яковлева. В период с 1627 по 1631 годы село числилось за Воином Оксентьевым Яковлевым, согласно жалованной грамоте 1622 года. В то время в селе уже существовала церковь Николая Чудотворца и место церковное мученицы Параскевы.
В октябре 1735 года был выдан указ о освящении новой деревянной Николаевской церкви с приделом мученицы Параскевы. Каменная церковь во имя святителя Николая Чудотворца с колокольней и оградой была построена в 1757 году на средства помещика Авдия Ивановича Супонева. Престолов в храме было два: в холодной части — во имя святителя Николая Чудотворца, в теплой — в честь мученицы Параскевы.
Архитектурно храм представляет собой пример церковного зодчества середины XVIII века. Основной объем храма — двусветный четверик, увенчанный восьмериком с граненой купольной кровлей и луковичной главкой. Алтарная часть пятигранная, с плавно скругленными углами. Трапезная квадратная в плане, соединяет основной объем с колокольней. Колокольня четырехъярусная, с арочными проемами и завершением в виде шпиля. Фасады храма украшены пилястрами и полуколоннами, окна имеют разнообразные формы и обрамления.
В XVIII веке село Фряньково перешло во владение дворянского рода Супоневых. Авдий Иванович Супонев, построивший каменный храм, был похоронен в его усыпальнице. В 1830 году его дочь Ольга вышла замуж за Ивана Павловича Шипова, после чего село перешло во владение рода Шиповых. Иван Павлович Шипов, герой Отечественной войны 1812 года, и его потомки внесли значительный вклад в развитие села и храма.
В советский период, в 1930-х годах, храм был закрыт, внутреннее убранство уничтожено, и здание использовалось не по прямому назначению, что привело к его постепенному разрушению. К началу XXI века храм находился в заброшенном состоянии.
