Первоначально на этом месте в 1705 году была возведена деревянная церковь, построенная на средства прихожан.В 1794 году, также благодаря усилиям местных жителей, была сооружена каменная тёплая церковь с колокольней, посвящённая Святителю Николаю Чудотворцу.В 1884 году к ней был пристроен придел во имя святых мучеников Флора и Лавра.
Архитектурный облик храма представляет собой сочетание традиционных древнерусских и барочных элементов. Комплекс включает в себя квадратные в плане трапезную и центральный четверик, удлинённый алтарь полуэллиптической формы и высокую шатровую колокольню. Колокольня состоит из квадратного основания и восьмигранного яруса звона, украшенного прямоугольными нишами и ширинками. Внутреннее пространство храма перекрыто сводами различной формы: в трапезной — полулотковый свод, в четверике — коробовый с шелыгой по оси запад-восток, алтарь завершён конхой.
В 1824 году рядом была построена холодная каменная церковь в честь Владимирской иконы Божией Матери, что расширило храмовый комплекс села. В конце XIX — начале XX века Филяндино являлось центром Филяндинской волости Ковровского уезда Владимирской губернии. В этот период в селе насчитывалось 56 дворов.
В советский период храмовый комплекс подвергся испытаниям. В конце 1930-х годов последний священник был арестован, и богослужения прекратились. Колокола были сняты, а здания храмов использовались не по назначению. Однако архитектурные особенности и внутреннее убранство, включая настенную роспись, выполненную в академической манере боголюбовскими мастерами братьями Шороховыми, сохранились.
