История храма охватывает период с середины XIX века до настоящего времени.
В 1851 году вдова надворного советника Е.А. Булгакова инициировала строительство деревянной Воскресенской церкви в селе Булгаково. Храм был освящен 12 апреля 1851 года и имел два престола: главный — в честь Воскресения Христова и придельный — во имя святителя Николая Чудотворца, освященный в 1871 году. При храме действовало церковно-приходское попечительство с 12 апреля 1878 года. Причт состоял из священника и псаломщика, которые размещались в общественных домах и получали казенное жалованье в размере 190 рублей в год. В селе также функционировала земская смешанная школа. Приход включал в себя село Булгаково, восемь деревень и два хутора, с общим числом прихожан 1742 человека (839 мужчин и 903 женщины).
В 1930-х годах, в период антирелигиозной политики советского государства, Воскресенская церковь была закрыта, а в 1970-х годах здание храма было полностью уничтожено. На его месте было построено здание сельсовета, которое в настоящее время используется как районная администрация.
В середине 1990-х годов в селе Булгаково была зарегистрирована православная община в честь иконы Божией Матери «Живоносный Источник». Однако работы по выделению участка и строительству храма не были проведены. В начале 1998 года настоятелем общины был назначен митрофорный протоиерей Николай Александрович Дудинов. На Пасху 1998 года были отслужены первые богослужения в селе Булгаково, после чего началось строительство нового храма. К декабрю 1999 года основное строительство было завершено, и в храме было налажено отопление. Первая Божественная литургия состоялась на Рождество Христово 2000 года. 3 июля 2003 года архиепископ Уфимский и Стерлитамакский Никон совершил чин освящения храма.
Новый храм был построен в южной части села Булгаково и посвящен святителю и чудотворцу Николаю Мирликийскому. Здание деревянное, обложено кирпичом. Строительство велось хозяйственным способом по эскизному проекту местными умельцами. В первый год, с апреля по декабрь, удалось построить основную часть церкви и алтарь. С Рождества Христова 2000 года в храме начались регулярные богослужения, параллельно продолжались отделочные работы и строительство подсобных помещений. С 2001 года финансовую помощь в строительстве оказывало руководство Межпромбанка, благодаря чему были построены колокольня, металлическая ограда, емкость для полного погружения при крещении, а также проведены работы по озеленению церковного двора. Совместными усилиями были изготовлены и установлены шесть колоколов, обустроены дорожки во дворе и сооружен сухой колодец в виде часовни. Живое участие в организации общины, строительстве храма и обеспечении его утварью оказывал архиепископ Никон.
