Село Ардонь, ранее известное как слобода Чернецкая, впервые упоминается в документах Киево-Печерской лавры в 1711 году, в связи с поселением здесь старообрядцев после реформы патриарха Никона.Существует мнение, что слобода Ардёнск существовала уже в 1686 году.
В исторических источниках отсутствуют точные сведения о дате строительства и архитектурных особенностях церкви Николая Чудотворца в селе Ардонь. Известно, что в южной части современной Ардони, ранее называвшейся селом Богородицкое или Чернецкое, возвышается храм, который иногда ошибочно называют храмом Рождества Богородицы.
В XVIII веке в селе развивалось ремесло, включая производство повозок и саней. Существовала старообрядческая церковь Рождества Богородицы.
В период с 1987 по 2004 год Ардонь имела статус посёлка городского типа, после чего вновь стала селом.