Храм во имя Святителя Николая Чудотворца в городе Клинцы Брянской области был сооружен как надвратная часовня при входе на Вознесенский погост. Первоначально на этом месте находилась деревянная Вознесенская часовня, построенная старообрядцами-переселенцами из слободы Ветка. В 1760 году часовня была преобразована в храм преподобного Сергия Радонежского, который сгорел в 1776 году. В 1778-1780 годах на его месте возвели новый деревянный храм в честь Вознесения Господня.
В 1801-1804 годах рядом с храмом была построена многоярусная деревянная колокольня высотой 54 метра, созданная под руководством церковного старосты И.К. Карташева. В 1812 году в храме устроили придел Воскресения Христова. В 1819-1821 годах рядом возвели теплую деревянную церковь Чуда Архангела Михаила с приделами Сергия Радонежского и Георгия Победоносца. В 1846 году все храмы стали единоверческими.
В 1850-х годах для местночтимого образа святителя Николая Чудотворца, написанного И.К. Карташевым, была сооружена деревянная часовня. В начале XX века ее заменили каменной, освященной в 1912 году. Эта часовня — единственное сохранившееся сооружение из упомянутого комплекса, остальные постройки сгорели во время Великой Отечественной войны.
В 1930-е годы храмовый комплекс был закрыт, а Никольская часовня использовалась под производственные нужды. В 1972 году здание часовни передали верующим и переоборудовали в храм. Архитектура сооружения выдержана в неорусском стиле с элементами новгородско-псковского зодчества XIV-XV веков. Основной объем завершается восьмискатной кровлей с цилиндрическим барабаном и луковичной главкой.
С 1994 по 2005 год храм являлся подворьем Свято-Успенского Свенского монастыря. В 2005 году здесь была образована женская монашеская община, преобразованная позднее в монастырь. В настоящее время храм сохраняет статус действующего и относится к Брянской епархии Русской Православной Церкви.
