Согласно сведениям из "Воронежских Епархиальных ведомостей" за 1891 год, село Алфёровка было основано в живописном месте на правом берегу реки Хопёр.Первоначально эти земли принадлежали господину Шемякину, затем переходили во владение его родственников, включая князя Долгорукова.В период владения князя Долгорукова в середине XIX века село достигло наибольшего расцвета: здесь были построены винокуренный завод, мастерские и хорошо организованная школа.
Первый храм во имя святителя Николая Чудотворца был построен в селе Алфёровка в 1787 году на средства местных жителей. Этот деревянный храм просуществовал до начала XX века, когда было принято решение о строительстве нового каменного здания церкви. Строительство нового храма было завершено в 1914 году. Архитектурно здание представляет собой классический образец православного храмового зодчества того времени, с традиционной композицией, включающей центральный купол и колокольню.
После революции 1917 года и установления советской власти многие религиозные учреждения подверглись репрессиям. Храм Николая Чудотворца в Алфёровке не стал исключением: он был закрыт, а его здание использовалось для различных хозяйственных нужд, включая складирование зерна и других товаров. В этот период внутреннее убранство храма было утрачено, а само здание пришло в упадок.
В начале XXI века начался процесс возрождения храма. В 2004 году были инициированы восстановительные работы, направленные на реставрацию здания и его приспособление для проведения богослужений. Восстановление храма стало возможным благодаря усилиям местных жителей и поддержки Борисоглебской епархии. В 2014 году в восстановленном храме была проведена первая литургия.
