История храма восходит к XIX веку, когда в селе Кочубей, ранее известном как Чёрный Рынок, был построен первый деревянный храм с пятью куполами и колокольней. При храме имелся дом для священника, а убранство храма было довольно богатым и благолепным. После революции храм был закрыт, а священник выслан из села. В 1938 году храм окончательно разрушили, а церковную утварь, которую не смогли спасти верующие, уничтожили. На месте храма построили клуб, который сгорел в 2007 году. За отсутствием помещения верующим приходилось собираться в частных домах.
В конце 1980-х годов, когда появилась возможность восстановления духовной жизни, верующие обратились к властям, которые выделили дом для совершения богослужений — неподалеку от места, где некогда возвышался храм. В 1991 году на праздник Успения Пресвятой Богородицы прошло первое за много лет богослужение. Церкви также передали расположенное по соседству здание, которое стало использоваться в качестве дома для причта. Также было отведено место под строительство нового храма.
В 1995 году рядом с молитвенным домом была совершена закладка нового храма в честь святителя Николая Чудотворца. Храм строили всем селом. Через пять лет строительство было завершено. В мае 2000 года епископ Бакинский и Прикаспийский Александр (Ищеин) совершил чин великого освящения новозданного храма.