Село Коктюбей, ранее известное как станица, было основано в XVI или XVIII веке. Название села происходит от тюркского слова, означающего "голубой курган". Село образовалось как рыбный промысел на реке Таловка, и рыболовство до сих пор остаётся основной отраслью хозяйства местных жителей.
В 2005 году в селе был построен православный храм — церковь Петра и Павла. Храм был возведён по инициативе местных жителей и при поддержке епархиального управления. Он стал центром духовной жизни села, объединяя прихожан и служа местом проведения религиозных обрядов и праздников.