Согласно архивным данным, строительство храма было завершено в 1793 году. Инициатором возведения храма стал Егор Иманов Соломонов, уроженец Грузии. Здание было выполнено из дерева и включало деревянную колокольню. Престол храма был один, холодный, освящённый во имя святителя Николая Чудотворца. Ведомость Кладбищенской Николаевской церкви города Кизляра за 1845 год подтверждает эти сведения.
Храм был расположен в непосредственной близости от других значимых религиозных сооружений города: Казанского собора, Живоносноисточнической церкви и Крестовоздвиженского монастыря. Это свидетельствует о важности данного района в религиозной жизни Кизляра в XVIII–XIX веках.
В период советской власти многие религиозные учреждения подверглись закрытию и разрушению. Однако конкретные сведения о судьбе храма Николая Чудотворца в этот период отсутствуют. Известно, что к середине 1930-х годов все храмы и монастыри Дагестана были закрыты.
В настоящее время храм Николая Чудотворца является действующим и входит в состав Кизлярского благочиния Махачкалинской и Дербентской епархии Русской Православной Церкви. Он служит местом проведения богослужений и духовной жизни для жителей города Кизляр и окрестных населённых пунктов.
