Инициатором строительства храма стал иркутский купец первой гильдии Ксенофонт Михайлович Сибиряков. В середине XIX века он пережил кораблекрушение на Байкале и, спасшись, дал обет построить церковь в честь святителя Николая, покровителя мореплавателей. Строительство началось в 1846 году в поселке Никола на берегу Ангары. После смерти Сибирякова работы были завершены его вдовой Натальей Дмитриевной и зятем Иваном Логгиновичем Медведниковым. Церковь была освящена в 1844 году архиепископом Нилом.
В 1848 году храм был перенесен в село Лиственничное (ныне Листвянка) на берег Байкала. В 1957 году, в связи с планируемым строительством Иркутской ГЭС и угрозой затопления, церковь была перенесена на новое место в Крестовую падь возле поселка Листвянка.