Он является действующим православным храмом Иркутской и Ангарской епархии Русской Православной Церкви.
Первоначально на месте современного храма находилась небольшая часовня, построенная в начале XX века до закладки Слюдянского вокзала. В 1906 году на её месте была установлена деревянная церковь, перенесённая из пади Половинка Кругобайкальской железной дороги. Церковь была освящена в том же году священником Иннокентием Чуриновым. Однако из-за ограниченного пространства и увеличения числа прихожан здание стало недостаточным для проведения богослужений.
В 1914 году, в связи со строительством второго пути Кругобайкальской железной дороги, было принято решение о возведении нового храма. Строительство осуществлялось на средства, выделенные из государственной казны, а также за счёт пожертвований прихожан и остатков церковных доходов. Новая церковь была освящена 29 декабря 1915 года. Она имела один престол во имя святителя Николая Чудотворца, святителя Иннокентия Иркутского и мученицы Татианы.
Архитектурно храм был выполнен в псевдорусском стиле с элементами модерна. Здание имело форму креста, фундамент и цоколь были изготовлены из байкальского мрамора. Стены состояли из бревен, обшитых дощечками, карнизы украшены подзорами. Над притвором возвышалась колокольня с шатровым завершением и маковкой с крестом. Храм был построен в непосредственной близости к вокзалу.
В 1922 году в рамках антирелигиозной кампании из храма были изъяты церковные ценности, включая серебряные сосуды, кресты и иконные ризы. В 1929 году церковь была закрыта, её кресты и колокола сняты, а здание переоборудовано под клуб. Во время Великой Отечественной войны в помещении храма размещались солдаты, охранявшие Слюдянский эвакуационный госпиталь.
В 1947 году здание храма было возвращено верующим, и 27 апреля того же года в нём возобновились богослужения. С этого времени храм функционировал без официальной регистрации до 1968 года, когда был заключён договор о передаче церкви в бессрочное пользование. В последующие годы проводились работы по восстановлению и благоустройству храма, включая замену крестов, шатра над крыльцом, главного купола, приобретение колоколов и строительство церковного дома.
В 1992 году на территории храма был установлен крест в память репрессированных слюдянцев. Здание храма было признано памятником истории и культуры федерального значения и 20 февраля 1995 года поставлено на государственную охрану. В 2004 году завершилась регистрация прихода, и была запланирована масштабная реконструкция церкви. Однако землетрясение 27 августа 2008 года нанесло серьёзные повреждения зданию, включая трещины в куполе, что сделало его небезопасным для прихожан. В связи с этим было принято решение о сносе старого здания и строительстве нового храма.
Новый храм был построен в 2008—2009 годах по проекту архитекторов О. Г. Александрова, Ю. В. Лебенко, К. А. Яковлева, М. А. Скалона и С. Ю. Коровкина. При строительстве учитывались элементы дореволюционного здания, восстановлены навершия и другие архитектурные детали. Современное здание храма сохраняет традиционный облик и продолжает служить духовным центром для жителей города Слюдянка.