Храм Николая Чудотворца на Меленках расположен в юго-западной части Ярославля на правом берегу реки Которосль. В XV веке на этом месте, известном как урочище Меленки из-за находившихся здесь ветряных мельниц, был основан Николо-Сковородский мужской монастырь. Название монастыря происходило от чугунного била (сковороды), использовавшегося вместо колокола, и глинистой почвы местности. Монастырь был приписан к ярославскому Спасскому монастырю.
В 1609 году во время польской интервенции монастырь был разорен и сожжен. Сохранились свидетельства о гибели игумена Варсонофия с братией и мирскими людьми, укрывавшимися в соборной церкви. Чудотворный образ святителя Николая уцелел и был перенесен в церковь Рождества Христова на Волге. Попытки восстановления монастыря в XVII веке не увенчались успехом, и в 1660-х годах обитель была окончательно упразднена.
На месте упраздненного монастыря в 1668 году началось строительство каменного приходского храма во имя Николая Чудотворца с приделом Прокопия Устюжского. Средства на строительство предоставил ярославский купец Мартиниан Дурандин, принявший перед смертью в 1668 году монашеский постриг с именем Макарий. Храм был освящен 15 октября 1672 года.
В 1705-1707 годах интерьер храма был расписан артелью ярославских изографов под руководством Федора Федорова. В храме сохранилась древняя икона Николая Чудотворца, уцелевшая при разорении монастыря в 1609 году. В 1822 году стенопись частично поновлялась ярославским мастером Елисеем Годуновым.
В архитектурный ансамбль входили также теплый Успенский храм (1683 год) и колокольня шатрового типа. В начале XX века к комплексу был пристроен храм в честь Иоанна Спостника, Архангела Гавриила и Андрея Критского. В советский период храмовые здания подверглись перестройкам, колокольня была снесена.
