В 1863 году в станице Ильской, входившей в состав Абинского полка, был построен молитвенный дом во имя Святителя Николая. Первым благочинным стал Ефим Петрович Тимофеевский. В 1864 году на месте часовни возвели деревянное здание молитвенного дома, церковному причту выделили 150 десятин земли, включая 50 десятин церковной земли.
В 1873 году завершилось строительство церкви Святителя Николая, на которое войско выделило 10000 рублей, а прихожане собрали 6000 рублей. Храм представлял собой деревянное здание на каменном фундаменте, выполненное в форме базилики с двумя куполами и шатровой колокольней. Алтарь расписывали монахи-иконописцы из Палеха и Троицкой Лавры. В 1896 году храм был расширен за счет общественных и церковных средств.
В 1933 году началось разрушение храмов в Северском районе. В 1939 году Свято-Никольский храм был закрыт, превращен в избу-читальню, затем в дом культуры. Кладбище рядом с храмом, где были захоронены жители станицы, казаки и священнослужители, уничтожили, а на его месте устроили танцплощадку.
12 августа 1990 года здание храма было передано Русской Православной Церкви. В мае 1991 года приходу выдели земельный участок площадью 6100 кв. м. Главный придел храма освящен в честь святителя Николая Чудотворца, правый придел — в честь Казанской иконы Божией Матери.