История православного прихода в Зее восходит к концу XIX века, когда в 1899 году была построена первая деревянная церковь, освящённая в честь святителя Николая Чудотворца. Средства на её возведение выделил Пётр Михайлович Гурьев, занимавший должность начальника Зейского округа в тот период. Однако в 1928 году, во время сильного наводнения, эта церковь была разрушена и унесена водами реки Зеи. После этого православные жители города остались без собственного храма.
В 1992 году, после длительного перерыва, в Зее был официально зарегистрирован православный приход. Вскоре началось строительство нового храма на новом месте. 15 декабря 1996 года состоялось его освящение. Современный храм представляет собой деревянное здание, выполненное в традиционном русском стиле. Архитектурные особенности включают срубную конструкцию, характерную для деревянных храмов Сибири и Дальнего Востока. Здание увенчано одной главой с крестом, фасады украшены резными элементами, отражающими традиции русского деревянного зодчества.
