В начале XX века, с ростом населения Красноярска и расширением городской территории, возникла необходимость в создании нового кладбища. В 1907 году Городская Дума приняла решение о выделении участка земли за Николаевской слободой для организации общегородского кладбища площадью 3600 квадратных саженей. Представителем от города в Приходский Совет Спасской церкви по заведованию кладбищем был избран Степан Иванович Потылицын. Официальное открытие кладбища состоялось 8 августа 1908 года.
В 1909 году на территории Николаевского кладбища была построена деревянная одноглавая часовня, освященная в честь святителя Николая Мирликийского. Эта часовня стала первым культовым сооружением на новом кладбище и служила местом для отпевания и поминовения усопших.
С увеличением числа прихожан и потребностью в более просторном помещении для богослужений было принято решение о строительстве каменного храма. Закладка нового храма состоялась 30 июля 1911 года. Однако из-за недостатка финансовых средств строительство затянулось. На время строительства богослужения проводились во временном помещении, расположенном во дворе строящегося храма, где также функционировала школа.
В 1913 году был официально образован Николаевский приход, выделившийся из прихода железнодорожной Спасской церкви при станции Красноярск. Освящение каменной церкви состоялось 21 декабря 1914 года. Храм был возведен по образцовому проекту и адаптирован к местным условиям архитектором С. Г. Дриженко.
Архитектурно храм представляет собой каменное здание, выполненное в традиционном стиле с характерными для православных церквей элементами. Его внешний облик отличается сдержанностью и гармоничностью форм, отражая каноны церковного зодчества начала XX века. Внутреннее убранство храма было оформлено в соответствии с православными традициями, включая иконостас и настенную роспись.
В период с 1930-х до 1943 года храм был закрыт, что соответствовало общей тенденции того времени по ограничению деятельности религиозных организаций. Однако в 1943 году, в условиях Великой Отечественной войны и изменения государственной политики в отношении религии, храм был вновь открыт для богослужений. С тех пор он продолжает функционировать, являясь действующим приходом Русской Православной Церкви.
В послевоенные годы храм оставался единственным действующим православным храмом в Красноярске, что подчеркнуло его особую роль в духовной жизни города. Благодаря усилиям прихожан и духовенства, здание храма поддерживалось в удовлетворительном состоянии, несмотря на сложные времена.
В конце XX — начале XXI века были проведены работы по реставрации и благоустройству храма и прилегающей территории. Были обновлены фасады здания, восстановлены элементы внутреннего убранства, улучшена инфраструктура для прихожан. Эти мероприятия способствовали сохранению исторического облика храма и улучшению условий для проведения богослужений.
