Строительство храма было инициировано в конце XX века в микрорайоне Малинники, известном также как «Кошелев проект». Возведение церкви началось в 2000 году и завершилось в 2002 году. В результате был построен каменный храм, освященный во имя святого мученика Трифона Апамейского. Архитектурно здание представляет собой однокупольный храм с колокольней, выполненный в традициях русского православного зодчества. Фасады украшены декоративными элементами, характерными для церковной архитектуры данного периода.
Святой мученик Трифон Апамейский, в честь которого назван храм, родился около 232 года в селении Кампсада близ города Апамея во Фригии. С юных лет он проявил дар исцеления и изгнания бесов, за что был признан святым. Во время гонений на христиан при императоре Деции Траяне Трифон был схвачен и после пыток казнен около 250 года в городе Никее. Память святого Трифона отмечается Православной церковью 1 февраля по юлианскому календарю.