Строительство храма началось в октябре 2001 года по благословению митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия. Земельный участок для строительства был предоставлен администрацией города Лобня по адресу: улица Борисова, дом 15В. Храм был возведен для окормления пациентов стационара и поликлиники, а также сотрудников медицинского учреждения и прихожан.
Первая Божественная литургия в новом храме была совершена на Светлое Христово Воскресение 5 мая 2002 года. Архитектурно храм представляет собой деревянную часовню с высокой шатровой крышей, оснащенную 20 окнами, расположенными в два этажа. В период с октября 2007 года по зиму 2008 года были проведены работы по улучшению условий внутри храма: заменены батареи отопления, проведено дополнительное утепление пола и обеспечено стабильное электроснабжение.
26 сентября 2012 года по благословению митрополита Ювеналия было проведено учредительное собрание, на котором была основана местная религиозная организация православного прихода храма Матроны Московской города Лобня. На этом собрании настоятелем был назначен иерей Дмитрий Григорьянц, который продолжил исполнять обязанности настоятеля Филаретовского храма.
В настоящее время при храме действуют воскресная школа, молодежное движение и социальная служба помощи. Священнослужители храма регулярно проводят богослужения в выходные и праздничные дни, а также духовно окормляют пациентов больницы и сотрудников медицинского учреждения.