Целью строительства являлось обеспечение духовного окормления пациентов стационара, поликлиники, медицинского персонала и местных прихожан.
В октябре 2001 года, по благословению митрополита Крутицкого и Коломенского Ювеналия, началось строительство деревянного храма. Первая Божественная литургия была совершена 5 мая 2002 года, в день Светлого Христова Воскресения. Храм был покрыт высокой шатровой крышей с двадцатью окнами, расположенными в два яруса, что обеспечивало естественное освещение внутреннего пространства.
С 2007 по 2008 годы в храме были проведены работы по улучшению условий: заменены батареи, установлено отопление, утеплены полы, подключено дополнительное электроснабжение мощностью 15 кВт, что обеспечило стабильную подачу электроэнергии. Также была организована охрана здания.
26 сентября 2012 года, по благословению митрополита Ювеналия, было проведено учредительное собрание, на котором была создана местная религиозная организация православного прихода храма Матроны Московской города Лобня Московской области Московской епархии Русской православной церкви. На собрании был принят устав и избран приходской совет.
В настоящее время храм открыт ежедневно с 8:30 до 16:30. Богослужения совершаются в выходные и праздничные дни. При храме действуют воскресная школа, молодежное движение и социальная служба. Священнослужители храма осуществляют духовное окормление больных стационара и поликлиники, а также сотрудников больницы и прихожан.