В 1826 году братья-архитекторы Джованни-Баттиста и Джузеппе-Марко Бернардацци выбрали участок вблизи городского кладбища для строительства церкви во имя Праведного Лазаря. В 1828 году архимандрит Товия совершил молебен по случаю закладки церкви, и первый камень был положен генералом Георгием Эммануэлем, командующим Кавказской линией. Однако из-за нехватки рабочей силы и смерти одного из братьев строительство было приостановлено и возобновилось лишь в 1849 году под руководством архитектора С. И. Уптона. К 1856 году храм был завершён и освящён во имя святого Лазаря.
В 1884 году из-за нестабильности грунта здание храма дало трещину, и его пришлось разобрать, оставив лишь склепы с захоронениями в подвале. Пятигорская городская дума весной 1893 года приняла решение о строительстве новой церкви на новом месте, за оградой у северных ворот кладбища. В 1895 году началось строительство нового храма по проекту городского архитектора Василия Васильевича Граффа. Фундамент был заложен с использованием машукского камня, кирпича и лесоматериалов, поступивших в виде пожертвований.
К концу 1902 года строительство было завершено, и 17 октября 1903 года епископ Владикавказский и Моздокский Владимир освятил церковь в честь праведного Лазаря. Архитектурно храм выполнен в русском стиле, имеет форму креста с укороченными северным и южным рукавами. Купол установлен на восьмигранном барабане, опирающемся на четыре массивных каменных столба, разделяющих внутреннее пространство на пять частей. Главный вход украшен массивными полуколоннами из машукского камня, а стены из кирпича имеют фигурную кладку с узкими спаренными окнами.
После Октябрьской революции храм использовался последователями «Тихоновской церкви», затем перешёл в ведение обновленцев, а после ликвидации обновленческого движения — в юрисдикцию Русской Православной Церкви. В XX веке Лазаревская церковь оставалась единственным действующим храмом в Пятигорске, несмотря на закрытие городского кладбища для погребений в 1956 году.
6 мая 2000 года в храме был торжественно освящён новый придел в честь святителя Игнатия (Брянчанинова). В январе 2002 года храм стал подворьем Бештаугорского Свято-Успенского Второ-Афонского мужского монастыря.
