Храм во имя святой блаженной Ксении Петербургской в Южно-Сахалинске был основан в начале XXI века как часть расширения православной инфраструктуры на Дальнем Востоке России. Решение о строительстве было принято епархиальным управлением в связи с увеличением числа верующих в регионе после периода религиозного возрождения в постсоветский период.
Закладка храма состоялась после получения необходимых разрешений от местных властей. Строительство велось на средства прихожан и пожертвования благотворителей. Архитектурный проект выполнен в традициях русского церковного зодчества с элементами, характерными для храмового строительства конца XIX - начала XX века.
Освящение храма совершили представители епархиального духовенства. В церемонии участвовали священнослужители из других приходов Сахалинской области. Храм был включен в состав Южно-Сахалинской и Курильской епархии Русской Православной Церкви.
При храме действует воскресная школа, где проводятся занятия по основам православного вероучения. Школа следует программе, утвержденной Синодальным отделом религиозного образования и катехизации. В учебном процессе используются методические материалы, рекомендованные Московской Патриархией.
Храм поддерживает связи с другими православными общинами Сахалинской области. Совершаются совместные богослужения в дни престольных праздников. Приход участвует в епархиальных мероприятиях, включая паломнические поездки по святым местам Дальнего Востока.