Храм святителя Иннокентия Московского в Южно-Сахалинске был образован в 1993 году. Первоначально православная община собиралась в жилом доме, а затем получила двухэтажное здание, приспособленное под храм. В 1994 году здание было передано Русской Православной Церкви, после чего проведен капитальный ремонт. До 1994 года здесь размещалось епархиальное управление, после чего образовался самостоятельный приход.
В 2004 году община обратилась к городским властям с просьбой выделить участок для строительства нового храма. В 2007 году началось строительство, завершившееся в 2009 году. С декабря 2009 года богослужения проводятся в новом здании. Старое здание стало использоваться для воскресной школы, молодежного лектория и библиотеки.
Храм освящен в честь святителя Иннокентия Московского, миссионера и просветителя Дальнего Востока. В августе 1861 года святитель Иннокентий посетил Сахалин во время шторма у берегов порта Дуэ, где провел около двух недель. Это событие стало частью местной церковной истории.
В храме находятся святыни: икона с мощами святителя Иннокентия Московского и икона с частицей гроба блаженной Матроны Московской. Также в приходе хранится старинная икона XIX века «Усекновение главы Иоанна Предтечи», переданная из частной коллекции и отреставрированная в Москве.
В 2012 году на фасаде храма вандалами были нанесены сатанинские изображения. В том же году, 24 сентября, состоялось великое освящение храма. Приход является одним из старейших на Сахалине и играет роль в местной церковной жизни.