Исторически в деревне Медвежьи Озёра не существовало собственного храма. В 1930-е годы была разрушена часовня во имя пророка Илии, где ранее проводились молебны на Пасху, Рождество и Ильин день. В конце 1970-х годов XIV века ученик преподобного Сергия Радонежского, монах Афанасий, основал на одном из Медвежьих озёр монастырь Спаса Преображения, который в XV веке входил в состав вотчины Московского Симонова монастыря, но запустел в XVII веке.
В августе 2000 года семья Морокиных, проживающая в деревне Медвежьи Озёра, решила передать участок размером 12 соток под строительство храма-часовни. В сентябре того же года было подано прошение митрополиту Крутицкому и Коломенскому Ювеналию о благословении на строительство православного храма во имя блаженной Ксении Петербургской. 12 марта 2001 года было получено благословение на образование нового прихода и проведение учредительного собрания для постройки храма.
21 августа 2001 года на месте предполагаемого строительства был отслужен первый молебен. Администрация сельского поселения выделила приходу участок земли размером 1,6 гектара под застройку церковного комплекса. В 2004 году была оформлена аренда этого участка. Был заказан проект будущей каменной церкви у заслуженного архитектора РФ Андрея Альбертовича Анисимова.
30 марта 2006 года митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий освятил деревянный храм преподобного Алексия, человека Божия, расположенный на территории комплекса, и совершил чин закладки храма блаженной Ксении Петербургской. Строительство каменного храма в неорусском стиле с боковыми приделами началось в 2006 году. Храм был возведён и отделан, и с Пасхи 2011 года в нём начали проводиться регулярные богослужения.
Архитектурно храм представляет собой каменное шатровое сооружение в неорусском стиле с боковыми приделами. Деревянная церковь преподобного Алексия, человека Божия, служит крестильным храмом и вместе с каменным храмом образует единый архитектурный ансамбль.
На территории храма действует воскресная школа и библиотека, что способствует духовному просвещению и укреплению православных традиций среди местных жителей.
