Первое упоминание о храме во имя святых бессребреников Космы и Дамиана в селе Благодарном относится к 1822 году. Каменная однопрестольная церковь с колокольней была построена в 1835 году и освящена в 1836 году. Храм располагался в Ставропольской губернии, Благодаринском уезде. В 1868 году на средства священника В. Белоградского к церкви был пристроен Никольский придел с южной стороны.
В 1875 году здание храма подверглось перестройке. В советский период церковь была закрыта и впоследствии разрушена. На месте исторического храма в настоящее время находится автовокзал. В 2024 году началось строительство нового каменного храма на другом участке в городе Благодарном.
Современный строящийся храм расположен в переулке Подгорном. Богослужения временно проводятся в малом крестильном храме, освященном в честь святого равноапостольного князя Владимира. Новый храм возводится в традициях православной церковной архитектуры.
Святые Косма и Дамиан, в честь которых освящен храм, почитаются в Православной Церкви как бессребреники и чудотворцы. Они жили в Малой Азии не позднее IV века и прославились даром исцелений, не принимая платы за врачевание. Память святых совершается 1 ноября по юлианскому календарю.