Этот храм связан с историей Николо-Стороженского монастыря, основанного в конце XVI века преподобным Киприаном Стороженским.Согласно преданию, до принятия монашества Киприан был разбойником по имени Косма, действовавшим на Стороженском мысе Ладожского озера.После раскаяния он основал монастырь, став его первым строителем.
В советский период монастырь был закрыт, а его строения пришли в упадок. В начале XXI века начались работы по восстановлению обители. В 2008–2010 годах на месте разрушенной часовни над предполагаемым местом погребения преподобного Киприана была построена новая деревянная часовня. В 2012 году часовня была перестроена в церковь.
В 2018 году деревянная церковь была разобрана, и на её месте началось строительство нового каменного храма в честь преподобного Киприана Стороженского. К концу 2019 года строительство было завершено, и храм начал функционировать.